新发传染病往往具有不可预知性和突发性，病死率高，危害性大，容易造成社会的不稳定和恐慌。从病原学的角度，新病原的出现往往又蕴含了一定的必然性。基因的水平转移，病原微生物的基因突变和环境选择压力，以及生态变化等因素，往往会导致具有新的致病能力和传播特征的新的菌毒株。SARS-CoV、大肠杆菌O157:H7等的出现，就是典型的例子。因此，研究细菌毒力岛、噬菌体等可移动遗传因子在微生物间的转移过程、范围和趋势，分析病原微生物毒力基因的形成、演变过程，监测细菌毒力岛和毒力基因水平转移的动态，探索新的病原微生物出现的可能机制，有助于了解、诊断、控制新发传染病的流行和传播。
