主要解决应对未来的世界性新发传染病的诊断问题。在我国报告的传染病暴发疫情中，许多没有病原学证据，被定为不明原因性疫情，留下了难解之谜。缺乏分离和发现新发传染病病原体的技术平台和方法。或者分离到了疑似病原性微生物，却无法及时鉴定。因此，应该发展先进、敏感、高通量的技术手段，解决新发传染病的病原学诊断问题。研究内容包括发展以生物芯片为基础的未知病毒的高通量快速筛查、分离和鉴定技术体系研究，建立包括2000多个种的细菌16S rRNA基因数据库，发展非培养性病原性细菌鉴定系统。在发生新发传染病暴发或流行时，能够很快将未知病毒鉴定到属的水平，缩小范围，继而分离和鉴定病毒；能够对临床标本直接进行细菌16S rRNA基因的克隆、测序、分析，使用序列信息，进行筛查、鉴定和分析。目标是发现新的病原性微生物，使我们国家在应对新发传染病的病原学诊断方面达到世界先进水平
