在新型冠状病毒感染的肺炎疫情应对中，传染病预防控制国家重点实验室主任徐建国院士坚决落实习近平总书记重要指示精神和党中央、国务院部署，按照国家卫生健康委和中国疾控中心对新疫情防控工作安排，积极投入到抗击疫情的战斗，在确定病原体等疫情相关工作中发挥了重要作用。
1月8日，传染病预防控制重点实验室主任徐建国院士受邀担任卫健委武汉不明原因肺炎疫情“病原检测结果初步评估专家组”组长，对中国疾病预防控制中心、中国医学科学院、中国科学院等相关团队的检测结果进行评估。专家组认为，本次武汉不明原因的病毒性肺炎疫情的病原体，可初步判定为新型冠状病毒，虽然检测标本数量还少，不完全满足“郭霍氏三原则”的条件，但可为疫情控制争取时间。病原体的确定是控制疫情至关重要的第一步，代表我们国家在发现新病原体领域的理论和实践已经达到非常先进的水平，发挥了一锤定音的作用。徐建国院士代表专家组接受了新华社采访。同时，徐院士作为中国工程院疫情专项工作组成员，对疫情发展、救治手段、防控措施等进行综合分析和科学研判，形成专家意见建议，经中国工程院汇总提炼后形成了关于防控策略、疫情趋势、疾病诊治等系列建议并上报党中央、国务院，得到充分肯定。徐建国院士担任国家卫健委形势研判专家组成员，参加多次专家组会议，并提出相关建议。
徐建国院士积极响应发挥智库作用，为党和政府科学应对疫情防控建言献策，积极建议禁止野生动物交易，控制传染源。中国工程院在“坚定信心众志成城
全力打赢疫情防控阻击战——致全体中国工程院院士的公开信”
中，提到了徐建国院士的贡献。中国工程院在“中国工程院全力迎战新型冠状病毒肺炎疫情”的新闻报道中，也提到了徐建国院士的工作。
徐建国院士还数次接受国家级和市级媒体采访，为公众疫情防护提供健康知识。2月2日在北京卫视播出的《我要当医生》抗击疫情特别节目——战“疫”中，徐院士作为专家科普了防疫相关知识，强调“隔离是传染病防控最重要措施”。
“疫情就是命令，防控就是责任。”尽管形势严峻，奋战在第一线的广大医务和疾控工作人员依然英勇无畏、逆行而上、迎战病魔。让我们坚定信心、同舟共济、科学防治、精准施策，坚决打赢疫情防控阻击战！
