此前，中国疾病预防控制中心传染病预防控制国家重点实验室徐建国院士团队使用宏分类学理论和细菌全长16S rRNA基因测序策略，从“种”的水平，研究了120个健康中国人粪便菌群，发现61.67% (74/120) 的研究对象携带肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae , Kp）。阳性个体的肺炎克雷伯菌，占肠道菌群相对比例为 0.48% ，最高可达22.00%（Frontier in Microbiology，2020(11):2029）。肺炎克雷伯菌是重要的条件致病菌，可引起院内和社区获得性感染，这点引起了研究者的重视。
肺炎克雷伯菌的一部分，获得了一部分毒力基因，毒力较强，可引起重症临床感染，如肝脓肿等，称之为高毒力肺炎克雷伯菌株（Hyper-virulent Klebsiella pneumoniae, hvKp）。近日，徐建国院士团队和中国科学院微生物研究所冯婕教授团队合作，对667条全球健康人肠道肺炎克雷伯菌宏基因组组装序列进行分析，发现13条(1.95%)为高毒力肺炎克雷伯菌株。这些菌株均来自中国，包含9个序列型，大部分携带4个毒力基因（iuc, rmpA, rmpA2和 iro）；对2016年从全国7个省市健康人分离的95株菌进行分析，发现8株为hvKp（5.19%），多携带iuc等全部四个毒力基因；对2017年从南方某地健康村民分离的30株肺炎克雷伯菌株进行分析，发现7株为hvKp（4%）。研究者从公共数据库下载了全球11568条肺炎克雷伯基因组进行分析，发现几乎每一株肠道hvKp ，都能找到在临床上造成感染疾病的近源菌株，包括血液感染、肝脓肿、呼吸道感染、尿道感染、伤口感染等。研究认为，人类肠道可能是高毒力肺炎克雷伯菌重要储存库，对院内感染、社区感染等具有重要意义。
本研究虽然发现人类肠道可能是高毒力肺炎克雷伯菌重要储存库，但是有关社区人群中肠道高毒力肺炎克雷伯菌定植率的准确数据以及它们与临床感染之间的路径和精准关系，仍缺乏清晰的认识。特别是，哪些因素引发、促进了健康人肠道高毒力肺炎克雷伯菌的扩散和引起感染？如何预防？如何控制？论文的发现提出了新的科学问题。值得进一步深入研究和更多的研究者的参与。
论文的题目是“The human gut serves as a reservoir of hypervirulent Klebsiella pneumoniae”， 于2022年8月在Gut Microbes杂志在线发表。中国疾控中心传染病所杨晶博士、中科院微生物所李毅同学、唐娜博士和中国疾控中心传染病所李娟研究员为文章的共同第一作者，徐建国院士和中科院微生物所冯婕研究员为共同责任作者。
本研究受国家自然科学基金委员会基金（81861138053），国家重点研究计划项目（2021YFC2301004）和中国医学科学院院外创新单元项目（2018RU010）资助。
参考文献：
Jing Yang #, Ji Pu#, Shan Lu#, Xiangning Bai, Yanfeng Wu, Dong Jin, Yanpeng Cheng, Gui Zhang, Wentao Zhu, Xuelian Luo, Ramon Rosselló-Móra, Jianguo Xu*. Species-level analysis of human gut microbiota with metataxonomics. Frontiers in Microbiology, 2020, 11:2029.
Jing Yang#, Yi Li#, Na Tang#, Juan Li#, Juan Zhou, Shan Lu, Gui Zhang, Yuqin Song, Chao Wang, Jin Zhong, Jianguo Xu*, Jie Feng*. The human gut serves as a reservoir of hypervirulent Klebsiella pneumoniae, Gut Microbes, (2022) 14:1, 2114739.
